Misja PTA opiera się na podstawowych celach działania, do których należą:

• Zrzeszanie osób, których przedmiotem działania lub zainteresowania jest alergologia doświadczalna i kliniczna oraz dziedziny pokrewne,
• reprezentowanie polskiej alergologii w kraju i za granicą,
• upowszechnianie wiedzy na temat alergologii w społeczeństwie, w szczególności w środowisku studentów medycyny, lekarzy, średniego personelu medycznego i pracowników technicznych,
• udział w doskonaleniu zawodowym lekarzy w dziedzinie alergologii,
• współpraca z organami administracji państwowej, samorządami zawodowymi oraz stowarzyszeniami w celu zapewnienia właściwego poziomu lecznictwa w dziedzinie alergologii w Polsce,
• organizowanie i popieranie badań, i prac naukowych w zakresie alergologii doświadczalnej i klinicznej, jak również współpraca w tym zakresie z innymi instytucjami i stowarzyszeniami,
• prowadzenie i wspieranie różnych form działalności szkoleniowej i edukacyjnej, podejmowanej na rzecz przedstawicieli środowiska medycznego i środowisk pokrewnych, dla rozszerzania wiedzy i praktycznych umiejętności w zakresie alergologii.

Aktywności dzięki którym PTA realizuję swoje cele:

• Inicjowanie badań naukowych z zakresu epidemiologii, etiopatogenezy, diagnostyki, profilaktyki, leczenia i farmakoekonomiki chorób alergicznych,
• wystąpienia do właściwych władz w sprawach organizacji programów zapobiegania i zwalczania chorób alergicznych w Polsce,
• delegowanie swych przedstawicieli do organów powoływanych na mocy obowiązującego prawa,
• organizację publicznych odczytów, szkoleń, kursów, wykładów, posiedzeń naukowych zjazdów, sympozjów, konferencji, kongresów naukowych oraz innych form upowszechniania wiedzy na temat alergologii doświadczalnej i klinicznej,
• opracowywanie programów kształcenia i doskonalenia zawodowego lekarzy i pielęgniarek w zakresie alergologii,
• aktywne wspieranie różnych form doskonalenia zawodowego pracowników medycznych, w szczególności lekarzy alergologów,
• współpracę z krajowymi i zagranicznymi instytucjami naukowymi, placówkami służby zdrowia i pokrewnymi towarzystwami, które są zainteresowane problematyką zwalczania chorób alergicznych,
• prowadzenie działalności wydawniczej, zgodnie z obowiązującymi przepisami w tym zakresie,
• subwencjonowanie badań naukowych z zakresu alergologii doświadczalnej i klinicznej, w miarę posiadanych środków,
• fundowanie nagród i stypendiów dla wyróżniających się w działalności naukowej młodszych członków Towarzystwa, w szczególności za obronione prace doktorskie lub opublikowane prace oryginalne,
• przyznawanie godności członka honorowego Towarzystwa, nadawanie medalu „Zasłużony w rozwoju polskiej alergologii”, jak również występowanie z wnioskami o nadanie odznaczeń państwowych osobom o wybitnych zasługach dla rozwoju polskiej alergologii,
• powoływanie sekcji problemowych, grup roboczych i grup zainteresowań do realizacji zleconych zdań,
• opracowywanie, upowszechnianie i uaktualnianie standardów diagnostyczno-leczniczych w alergologii.